JPG形式や、PNG形式でも透過設定を行っていないと透過しません。

透過PNGとして保存しているか確認してください。

 

SiGN Pro編集画面(メイン編集モード)上部、「ファイル形式」でPNGを選択します。

その横の「透明度:」スライダーを一番左(数字0の状態)に設定します。