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可能です。

BiND6を起動し「新規サイトを作る」より、テンプレートを選択します。

「どちらのサイトフォルダに作成しますか？」というサイトデータ保存先選択のウィンドウが表示されますので、

「ローカルフォルダ」「Dropboxフォルダ」のいずれかを選択してください。

ローカルフォルダの場合、PC内の既定の保存先に、Dropboxフォルダの場合、ウェブ上のDropbox内に保存されます(別途初期設定が必要です)。